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目前用于有机污水的处理工艺主要包括厌氧处理、缺氧水解处理.好氧处理叁大类，针对具体不同的水质情况，又包括鲍础厂叠工艺、活性污泥工艺、生物膜工艺，氧化沟工艺，厂叠搁工艺及其它一些工艺变形。这些生化处理工艺在常规有机废水处理中都已经非常成熟，有了许多成功的工程化应用实例。但是在利用生化工艺处理医药化工废水过程中，微生物生长受到严重抑制，不能利用废水中的有机物作为营养进行生长，因此采用常规的生化处理技术不能培养出性能良好的污泥。终造成处理失败。

1稀释进水生化工艺：在早期的一些医药化工有机污水处理工程中。直接利用稀释水把进水中的有毒物质浓度稀释到微生物生长容许浓度，然后进行生化处理。这是一种为简单的方法，易于操作和管理。但稀释法存在的缺点是非常明显的，增加处理规模和基建，增加原污水的运行费用，同时浪费大量的宝贵水资源。

2梯度压力污泥驯化：大量的研究表明，以目标有毒难降解废水对活性污泥进行适当的驯化，可大大提高污泥对有毒难降解有机物的降解的降解效率。采用何种驯化方法和进程对驯化结果影响很大，研究表明驯化时有毒物质浓度和暴露时间对微生物驯化适应能力有很大的影响。

3投加菌株的生物强化技术：当废水中有毒有机污染物毒性大或极难于生物降解时，降解性微生物增殖速度慢，世代周期长，降解效率低，用常规的驯化方法很难驯化出具有降解能力的活性污泥或生物膜。生物强化技术就是在生物处理系统中投加具有降解能力的微生物菌株来改善和提高处理体系对有毒有机污染物的处理效果。

4共代谢：一些有毒难降解的有机物，在单独存在作为碳源时，不能被微生物所分解利用，但在系统中有其他易利用基质存在时，这些有毒难降解有机物能被微生物降解，添加目标污染物的类似物质诱导物，某些营养物或提供目标污染物降解过程所需要的因子，能提高降解性微生物的生长速度和降解活性。